С новым диском.

Черный WD, почти б/у за 2к?? Далаадно. Ну, если он без битостей и секторов с задержкой в более 150 мс, то это большая удача.

Я думаю, это последствия замены материнской платы, а не блока питания. Я уже сталкивался с тем, что старые диски WD, которые еще под SATA1, не всегда корректно работают на материнских платах, с SATA3.
У меня как раз лежит WD2500JD с проблемой - видится в винде через раз, и может пропасть по ходу работы. Хотя если подключить его к старой материнской плате, то работает надежно.